MySQL 4.1.* ではまりました・・・

たぶん、MySQLをバリバリつかっている方なら公然の事実だったんでしょうけど、ユーザテーブルのパスワードのハッシュ長が変わったために、perlのDBI経由でアクセスすると変なエラーが戻されていました。

このあたり参照して問題解決しました。
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/perl-support-problems.html
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/old-client.html

で、一応ＤＢいじったので、おなじMySQLを使っている、このMovableTypeの動作に問題がないかどうか検証中であります。